实质审查过程中，审查员采用审查意见通知书的形式将实质审查意见告知申请人，审查意见通知书首先在前面的表格部分表明专利申请的基本情况，然后在正文部分列举申请文件存在的所有缺陷，给出审查员对申请文件的总体倾向性意见。

　　答复审查意见时，如果能够针对审查意见通知书答复出令人信服的意见陈述书，并修改出合格的申请文件，则申请就有可能在较短的时间内被授权，缩短实质审查程序；相反，如果提交的意见陈述书未对审查意见通知书做出满意的答复，将会加长实质审查程序，甚至会使有可能获得授权的专利申请被驳回。

　　审查意见通知书的总体倾向性意见是指申请文件有无授权前景，有授权前景的审查意见通常指申请文件存在形式缺陷和能够克服的实质性缺陷，如果通过修改能够克服申请文件的形式缺陷和实质性缺陷，就可被授予专利权；无授权前景的审查意见通常是指申请文件存在不可克服的实质性缺陷，这类专利申请并不是完全没有授权前景，如果意见陈述书有足够的说服力，能够改变审查员的观点，该专利申请即可以被授予专利权。

　　常见的无授权前景的审查意见通知书有以下两种形式：一种是全部权利要求不符合专利法第二十二条第四款规定的创造性；另一种是部分权利要求不符合专利法第二十二条第三款规定的新颖性，其余部分权利要求不符合专利法第二十二条第四款规定的创造性；同时，审查员在结论性意见中勾选第三项：专利申请中没有可以被授予专利权的实质性内容，如果申请人没有陈述理由或者陈述理由不充分，其申请将被驳回。

　　答复这类审查意见时，首先分析审查员的观点，仔细研读对比文件，深入理解，并与申请文件比较，不仅要比较申请文件与对比文件的权利要求，还要比较说明书中的具体实施方式；最后得出是否同意审查员观点的结论。

　　答复审查意见时，先明确是否同意审查员的观点，然后按照审查员指出的缺陷逐个答复。审查意见通知书中，创造性通常是根据检索到的对比文件按照三步法来评价的。在答复关于创造性的审查意见时，也要从三步法入手，首先确定最接近的现有技术，然后确定发明的区别技术特征和实际解决的技术问题，最后判断要求保护的发明对本领域技术人员来说是否是显而易见的。

　　实质性缺陷的审查意见，大多会影响专利申请的保护范围，应当判断通知书中的意见是否有道理，只有通过分析认为通知书中的意见完全正确时才按照通知书的要求进行修改以获得早日授权。否则，就应当设法为委托人争取最宽的保护范围，在这种情况下一定要根据具体情况确定是否缩小保护范围或者确定部分缩小保护范围，与此同时在意见陈述书中充分论述理由，尤其注意在陈述意见时不要做出不必要的限制性解释。

　　如果需要修改申请文件，一定要慎重考虑，由于在专利侵权诉讼中适用禁止反悔原则，在专利申请审查过程中对权利要求书所进行、限制其保护范围的修改以及在意见陈述书中所作的限制性解释均成为专利侵权诉讼中确定其专利权保护范围的依据。

　　由于每个审查员负责审查的领域较宽，不可能对其审查的每个申请案所涉及的技术内容都十分熟悉，对有些申请案技术内容还不一定完全理解，这样在一些通知书中虽然指出了一些实质性缺陷，如说明书未充分公开、权利要求书未以说明书为依据、权利要求未清楚限定发明等，而实际上是想听取申请人的意见再确定在什么样的保护范围内给予专利保护，更何况审查工作中也难免有失误，所以出现与通知书中不同的意见是正常的。正由于此，专利代理人在接到审查意见通知书后，就应当如前面所指出的那样，认真阅读审查意见通知书，若经过仔细分析，确定认为申请可以取得更宽一些保护范围的话，应当为委托人作积极争取，不必单纯为追求加快审查进程而使专利得不到充分保护。

　　作为专利代理人，应当站在委托人的立场，从委托人的利益出发进行专利代理工作。不加分析地按照通知书的意见修改申请文件固然能为委托人争取早日取得专利，但在不少情况下会牺牲了委托人本来有可能取得更宽的专利权保护范围，作为一个好的代理人，应在仔细分析审查意见的基础上，据理力争，既要争取早日批准专利，更要为委托人争取到充分的保护。